Perdasarkan Peraturan Menteri Kehutanan Nomor : P.03/Menhut-II/2017, struktur organisasi BBTNBTS terdiri dari :

a. Kepala Balai Besar

Mempunyai tugas melaksanakan kebijakan, koordinasi, bimbingan teknis dan pelaksaan administrasi dalam rangka penyelenggaraan konservasi SDAH dan ekosistemnya dan pengelolaan kawasan TN berdasarkan peraturan perundangan-undangan yang berlaku.

b. Kepala Bagian Tata Usaha

Mempunyai tugas melaksanakan pengurusan administrasi persuratan, ketatalaksanaan, kepegawaian, keuangan, perlengkapan, kearsipan dan rumah tangga, penyusunan program dan kerja sama, pengumpulan dan analisis data, pemantauan dan evaluasi, pelaporan serta kehumasan. 

Jabatan di bawahnya adalah Kepala Sub Bagian Umum, Kepala Sub Bagian Program dan Kerjasama, dan Kepala Sub Bagian Data, Evaluasi, Pelaporan dan Kehumasan.

c. Kepala Bidang Teknis Konservasi

Mempunyai tugas penyiapan rencana kerja di bidang perlindungan, pengawetan dan pemanfaatan kawasan TN, pelayanan di bidang konservasi sumber daya alam hayati dan ekosistemnya. 

Jabatan di bawahnya adalah Kepala Seksi Pemanfaatan dan Pelayanan dan Kepala Seksi Perencaan, Perlindungan dan Pengawetan.

d. Kepala Bidang Pengelolaan Taman Nasional Wilayah I

Mempunyai tugas mengkoordinasikan pelaksanaan konservasi sumber daya alam hayati dan ekosistemnya, serta pengelolaan kawasan TN di wilayah kerjanya.

Jabatan di bawahnya adalah Kepala Seksi Pengelolaan Taman Nasional Wilayah I dan Kepala Seksi Pengelolaan Taman Nasional Wilayah II 

e. Kepala Bidang Pengelolaan Taman Nasional Wilayah II

Mempunyai tugas mengkoordinasikan pelaksanaan konservasi sumber daya alam hayati dan ekosistemnya, serta pengelolaan kawasan TN di wilayah kerjanya.

Jabatan di bawahnya adalah Kepala Seksi Pengelolaan Taman Nasional Wilayah III dan Kepala Seksi Pengelolaan Taman Nasional Wilayah IV